df = pd.dataFrame(hogehoge)

exclude_ids = [...]

こんな感じで、exclude_idsの配列の中にdfのidから除外したいものがある場合を考えます

そんな時は

# not isin
filterd_df = df[~df['id'].isin(exclude_ids)]

# ちなみにシンプルに配列に含まれるもので抽出したい時は
filterd_df = df[df['id'].isin(exclude_ids)]